המטריקס יצא לאקרנים ב-31 במרץ 1999 בבימוין של האחיות ואצ'ובסקי, שבזמן יציאתו הוצגו בכותרות בשמן הקודם. העלילה מתרחשת בעתיד עגום שבו האנושות כלואה, בלי לדעת זאת, בתוך המטריקס: מציאות מדומה שיצרו מכונות תבוניות, בעוד הגופים האמיתיים שרועים במתקנים ומשמשים את המכונות כמקור אנרגיה. הגיבור, מתכנת בשם תומאס אנדרסון המכונה ניאו, מגלם קיאנו ריבס, ואת הדמות שחושפת לו את האמת, מורפיאוס, מגלם לורנס פישבורן. תקציב ההפקה היה 63 מיליון דולר, והסרט הכניס 473.3 מיליון דולר ברחבי העולם והיה הרביעי בהכנסותיו באותה שנה. הוא זכה בארבעה פרסי אוסקר — אפקטים חזותיים, עריכה, פס קול ועריכת אפקטים קוליים — ובעקבותיו יצאו שני סרטי המשך ב-2003 וסרט רביעי ב-2021.
תרומתו המובהקת ביותר לתרבות הפופולרית היא לשונית. בסצנה מוקדמת מוצעת לגיבור בחירה בין גלולה אדומה, שתגלה לו את האמת על המטריקס, לבין גלולה כחולה, שתחזיר אותו לחייו הרגילים. הצירוף "לקחת את הגלולה האדומה" יצא מן הסרט אל השפה היומיומית והפך לביטוי כללי לרגע שבו אדם מגלה שהתמונה שהוצגה לו אינה נכונה. תרומה שנייה היא חזותית: הסרט הפיץ את אפקט "זמן הכדור", שבו התנועה בתוך הפריים מואטת בעוד המצלמה ממשיכה לנוע במהירות רגילה.
מקורות ההשראה של הסרט מתועדים היטב, ובראשם סרט האנימציה היפני הרוח במעטפת מ-1995. האחיות ואצ'ובסקי הקרינו אותו למפיק ג'ואל סילבר ואמרו לו שהן רוצות לעשות את זה באמת, והעיצוב החזותי של המטריקס אכן דומה לו במידה ניכרת. ב-2012 נבחר הסרט לשימור במרשם הלאומי לסרטים של ספריית הקונגרס האמריקאית. שווה לשים לב להבדל בינו לבין שאר הסרטים בקטגוריה הזו: המכונות כאן אינן דמות שאפשר לשוחח איתה או לבחון אותה, אלא תשתית בלתי-נראית שהשאלה לגביה אינה מה היא חושבת אלא אם בכלל אפשר להבחין בקיומה.