Darktrace נוסדה ב-2013 בקיימברידג' שבבריטניה בידי מתמטיקאים ומומחי הגנת-סייבר שפעלו במסגרת Invoke Capital, חברת ההשקעות של איש העסקים מייק לינץ'. מטה המחקר שלה נותר בקיימברידג', ולצדו מרכז פיתוח שני בהאג שבהולנד ומשרדים בלונדון, בסן-פרנסיסקו ובסינגפור.
הרעיון שהחברה הביאה לשוק היה חריג בזמנו. מוצרי אבטחה מסורתיים מזהים איום לפי "חתימה" — דפוס ידוע של תוכנה זדונית שכבר נצפתה בעבר — ולכן הם עיוורים לתקיפה חדשה שטרם תועדה. Darktrace הציעה במקום זאת גישה שהיא כינתה "מערכת חיסון ארגונית": המערכת לומדת במשך תקופה מהי התנהגות רגילה של המשתמשים, המחשבים והשרתים בארגון מסוים, ומתריעה על סטייה מהדפוס הזה — גם אם היא לא ראתה מעולם את סוג התקיפה. המוצר Antigena הרחיב את הרעיון לתגובה אוטומטית: ניתוק או האטה של פעילות חשודה תוך כדי התרחשותה, בלי להמתין להחלטת אדם.
הגישה הזו הפכה את החברה למותג מוכר, אך גם למושא לביקורת מקצועית ולביקורת בשוק ההון — ב-2023 תקפו אותה קרנות מכירה-בחסר בטענות על אופן דיווח ההכנסות שלה.
Darktrace הונפקה בבורסת לונדון ב-2021, ובאפריל 2024 הציעה קרן ההשקעות האמריקאית Thoma Bravo לרכוש אותה תמורת 5.3 מיליארד דולר. העסקה הושלמה ב-1 באוקטובר 2024, והחברה חזרה להיות פרטית. בשנת 2023, השנה המלאה האחרונה שדיווחה כחברה ציבורית, עמדו הכנסותיה על כ-545 מיליון דולר, רווחה הנקי על כ-59 מיליון דולר, והיא העסיקה כ-2,270 עובדים.
לעסקת הרכישה נלווה אירוע חריג: מייק לינץ', שחברת ההשקעות שלו הקימה את Darktrace והיה מהמשקיעים הראשונים בה, נספה באוגוסט 2024 בטביעת יאכטה מול חופי סיציליה, בין הכרזת העסקה להשלמתה. העסקה נמשכה כמתוכנן. במשך רוב תקופת ההנפקה עמדה בראש החברה פופי גוסטפסון, שנעשתה לאחת המנהלות המוכרות בתעשיית הטכנולוגיה הבריטית.