Owkin נוסדה באוגוסט 2016 בפריז בידי תומא קלוזל, רופא שעסק במחקר קליני, וז'יל ונריב, פרופסור לבינה מלאכותית. קלוזל הוא בנם של ז'אן-פול ומרטין קלוזל, מייסדי חברת הביוטכנולוגיה השווייצרית Actelion — רקע משפחתי שהעניק לחברה גישה מוקדמת יחסית לעולם התרופות. Owkin פועלת כיום בצרפת, בארצות-הברית, בבריטניה, בשווייץ, בגרמניה ובספרד, ומעסיקה כ-250 עובדים.
הבעיה שהחברה ניגשה אליה מוכרת לכל מי שעוסק ב-AI רפואי: המודלים הטובים ביותר דורשים כמות עצומה של נתוני מטופלים, אבל נתונים רפואיים הם מהרגישים ביותר שקיימים, וחוקי הגנת המידע — ובראשם ה-GDPR האירופי — מגבילים מאוד את העברתם בין מוסדות. הפתרון שאימצה Owkin נקרא למידה מבוזרת (Federated Learning): במקום לרכז את הנתונים במקום אחד, המודל עצמו נשלח אל כל בית-חולים, מתאמן שם על הנתונים המקומיים, ורק העדכונים שנלמדו — ולא הרשומות — חוזרים ומאוחדים. הנתונים לא עוזבים את המוסד.
את הגישה הזו יישמה החברה גם בפרויקט MELLODDY, שבו עשר חברות תרופות אימנו מודל משותף בלי לחשוף זו לזו נתונים קנייניים, ובפרויקט MOSAIC — מאגר רב-שכבתי במרחב הרקמות של גידולים סרטניים, בשיתוף מוסדות מחקר בארצות-הברית, בצרפת, בשווייץ ובגרמניה.
בנובמבר 2021 השקיעה בה חברת התרופות הצרפתית Sanofi 180 מיליון דולר, מהלך שהעלה את שוויה מעל מיליארד דולר והפך אותה לחד-קרן. סך הגיוסים שלה עבר 308 מיליון דולר, ובין שותפויות המחקר שלה נמנות גם Bristol Myers Squibb ומוסדות אקדמיים.
נכון ל-2026 היא מפתחת גם מודלים ייעודיים להסקה ביולוגית, שאומנו על מאגר שאלות ותשובות שנבנה מנתוני MOSAIC, ומציעה אותם כמוצר לחברות תרופות; בבחינות פנימיות שפרסמה הם השיגו תוצאות טובות יותר ממודלי שפה כלליים במשימות מהסוג הזה. באותה שנה הרחיבה Sanofi את שיתוף הפעולה עמה לבניית סוכני-AI לשימוש פנימי, לצד רישיון תלת-שנתי למוצר הדגל שלה.