Cradle Bio נוסדה במאי 2021 באמסטרדם בידי חמישה שותפים, ובראשם סטף ואן חריקן, שעבד קודם לכן בגוגל. לחברה משרד שני בציריך, והיא מגדירה את עצמה כחברת תוכנה לתחום הנדסת החלבונים.
כדי להבין מה היא עושה, כדאי להתחיל מהבעיה. חלבון הוא שרשרת של חומצות אמינו שמתקפלת למבנה תלת-ממדי, והמבנה הזה הוא שקובע את תפקודו. הנדסת חלבונים עוסקת בשינוי השרשרת כדי לקבל תכונה רצויה — אנזים שעמיד בחום גבוה, נוגדן שנקשר חזק יותר למטרה שלו, חלבון יציב יותר באחסון. באופן מסורתי זו עבודה של ניסוי וטעייה במעבדה, שדורשת מחזורי ניסוי רבים.
המודלים של Cradle מציעים מועמדים לשינוי לפני שנעשה ניסוי כלשהו, ובכך מצמצמים את מספר המחזורים הנדרשים. אם AlphaFold של Google DeepMind הראה שאפשר לחזות את המבנה של חלבון קיים, החברות בדור הזה מנסות את הכיוון ההפוך — לתכנן חלבון שיתאים לתפקוד רצוי. Cradle היא הגרסה המסחרית של הרעיון הזה: היא אינה מפתחת תרופות משלה, אלא מוכרת את הכלי לחברות ביוטק ותרופות שמפתחות מוצר משלהן.
החברה גייסה סבב A של 24 מיליון דולר בנובמבר 2023 בהובלת Index Ventures, וסבב B של 73 מיליון דולר ב-2024 בהובלת IVP. היא נכללה ברשימות של Wired ושל בלומברג לסטארט-אפים אירופיים בולטים, ונבחרה ב-2024 לסטארט-אפ השנה בידי מגזין הכלכלה ההולנדי MT/Sprout.
הסיקור העיתונאי שלה מתמקד בעיקר בעבודתה על נוגדנים ובהרחבת המעבדה שלה באמסטרדם — פרט שכדאי לשים לב אליו: גם חברה שמוכרת תוכנה מחזיקה מעבדה רטובה משלה, משום שהדרך היחידה לדעת אם תחזית של מודל נכונה היא לבדוק את החלבון בפועל. זהו הבדל מהותי בין בינה מלאכותית בביולוגיה לבין בינה מלאכותית בטקסט: כאן קיים מבחן חיצוני חד-משמעי, והוא איטי ויקר.